至于在水处理方面的氧化性杀菌灭藻剂和非氧化性杀菌灭藻剂有什么区别呢，(一)氧化性杀菌灭藻剂具有强烈氧化性，通过与细菌体内代谢酶发生氧化作用，而达到快速强力杀菌目的，如卤素中的氯、溴以及溴、氯的化合物(次氯酸钠、二氧化氯、氯化异氰尿酸、卤化海因等)、臭氧、过氧化氢、过氧乙酸。杀菌灭藻方案可选用二氯异氰脲酸钠和次氯酸钠均属于氧化性杀菌灭藻剂，杀灭青苔菌藻和粘泥表面及浅层的活性生物，并利用药剂的残留性继续抑制菌藻类滋生复苏；(二)非氧化性杀菌灭藻剂是以致毒剂的方式作用于微生物的特殊部位，从而破坏微生物的细胞或者生命部位而达到杀菌效果。目前我国应用于水处理系统中的非氧化性杀菌灭藻剂主要有氯酚类、醛类、季铵盐类、季磷盐类、异噻唑啉酮类等。由于后续生产使用循环水，要求循环水不能有太多泡沫。因此杀菌灭藻方案选用的非氧化性杀菌灭藻剂为异噻唑啉酮系列。