氯的杀菌作用是氯在水中生成分子状态的次氯酸，次氯酸分子能穿透微生物的细胞膜与蛋白质生成稳定的N-CL键，使呼吸作用所必需的还原酶减弱或失去活性，较高浓度时会破坏细胞壁。添加到水中的氯以次氯酸的形式存在的比例越高，杀菌效果越好。氯处理的效果很快，水中的原生动物（如草履虫和纤毛虫）和轮虫等，通氯之后很快就被杀死。藻类比细菌更容易被氯杀死，加氯的浓度达1mg/L，就能杀死大部分藻类。使蓝藻和硅藻致死的氯浓度分别为0.5-1.01mg/L和0.1-1.01mg/L。氧化性杀菌灭藻剂，白色固体，具有强烈的氯气刺激味，含有效氯在90%以上，是一种极强的氧化剂和氯化剂，具有高效、广谱、较为安全的消毒作用和速效缓释的特点，对细菌、病毒、真菌、芽孢等都有杀灭作用，对球虫卵囊也有一定杀灭作用。